La GTJ offre au randonneur un cheminement ponctué de sites exceptionnels. Du nord (Mandeure) au Sud (Culoz), il traverse des paysages aux reliefs tourmentés : défilé aux gorges chaotiques du Doubs franco-suisse, panorama du val de Morteau, forêts de la Haute Joux et du Massacre. Viennent ensuite les Monts du Jura, qui s'élèvent en montagnes russes jusqu'au Crêt de la Neige (1720 m). Le circuit se termine au-dessus de Culoz, en suivant le Rhône par les prairies du plateau de Retord.